Ten światowej sławy polski kompozytor jest autorem muzyki do blisko trzydziestu animacji. Współpracował z reżyserami uprawiającymi animację autorską dla dorosłych, m.in. z Jerzym Zitzmanem, Mirosławem Kijowiczem, Kazimierzem Urbańskim, ale ma na swym koncie także muzykę do filmów dla dzieci, zrealizowanych m.in. przez Leszka Lorka, Alfreda Ledwiga, Wacława Wajsera. Pod urokiem muzyki Pendereckiego są Timothy i Stephen Quay, zafascynowani Europą Środkową, a szczególnie kulturą Polski i Czech. Muzyką Pendereckiego zilustrowali animowaną ekranizację opowiadania Franza Kafki „Ein Brudermord” (1982). W 2009 roku nakręcili w łańcuckim zamku – wyprodukowane przez polską kinematografię – „Inventarium śladów”, zainspirowane postacią Jana Potockiego, autora „Rękopisu znalezionego w Saragossie”. Muzykę polskiego kompozytora wykorzystali także w swym kolejnym filmie – „Maska” (2010), na podstawie opowiadania Stanisława Lema. Została ona uhonorowana prestiżową Nagrodą Sacem na festiwalu w Annecy (2011).

BULANDRA I DIABEŁScen., reż. i oprac. plast.: Jerzy Zitzman, Lechosław Marszałek. Zdj.: Zdzisław Poznański. Muz.: Krzysztof Penderecki. Prod.: Studio Filmów Rysunkowych w Bielsku-Białej, 1959. Czas projekcji: 8’
Stara śląska legenda o tym, jak górnik Bulandra nie dał się przez diabła oszukać, a sam go przechytrzył i Rokita musiał za niego w kopalni fedrować.
ARLEKINScen.: Hanna Jagoszewska, Mirosław Kijowicz. Reż. i oprac. plast.: Mirosław Kijowicz. Zdj.: Zdzisław Poznański. Muz.: Krzysztof Penderecki. Prod.: Studio Filmów Rysunkowych w Bielsku-Białej, 1959. Czas projekcji: 6’.
Utrzymana w poetyce baletowej pantomimy urocza opowieść o rozmarzonym arlekinie oraz jego kolorowych balonikach.
SCYZORYKScen. i reż.: Leszek Lorek. Oprac. plast.: Alfred Biedrawa, Leszek Lorek. Zdj.: Zdzisław Poznański. Muz.: Krzysztof Penderecki. Prod.: Studio Filmów Rysunkowych w Bielsku-Białej, 1961. Czas projekcji: 8’.Pełna gagów oraz nieoczekiwanych zwrotów akcji przewrotna opowiastka o pomysłowym scyzoryku-chuliganie.
SŁODKIE RYTMYScen., reż. i oprac. plast.: Kazimierz Urbański. Zdj.: Jan Tkaczyk. Muz.: Krzysztof Penderecki. Prod.: Studio Miniatur Filmowych w Warszawie, 1965. Czas projekcji: 7’.
Spojrzenie na rój pszczół. Kombinacja różnorodnych technik animacyjnych, także noncamerowych oraz zdjęć realistycznych. Abstrakcyjny balet form.
PIOTR PŁAKSINScen.: Leszek Mech. Reż. i oprac. plast.: Jerzy Zitzman. Zdj.: Zdzisław Poznański. Muz.: Krzysztof Penderecki. Prod.: Studio Filmów Rysunkowych w Bielsku-Białej, 1965. Czas projekcji: 10’.
Efektowna ekranizacja lirycznego poematu Juliana Tuwima.
CZAR KÓŁEKScen., reż. i oprac. plast.: Kazimierz Urbański. Zdj.: Jan Tkaczyk. Muz.: Krzysztof Penderecki. Prod.: Studio Miniatur Filmowych w Warszawie, 1966. Czas projekcji: 6’.
Zalety oraz zagrożenia – dla człowieka i jego środowiska – płynące z motoryzacji.
MASKAScen., reż., oprac. plast. i zdj.: Stephen i Timothy Quay. Muz.: Krzysztof Penderecki. Prod.: Se-Ma-For Produkcja Filmowa – Łódź, Instytut Kultury Polskiej – Londyn, 2010. Czas projekcji: 23’.
Ekranizacja mrocznego opowiadania Stanisława Lema z 1974 roku. Jego akcja rozgrywa się w rzeczywistości stanowiącej połączenie kultury feudalnej z zaawansowaną technologią.